Nezavisnost Bosna zadržava sve do dolaska Osmanlija 1463. godine, kad zvanično postaje dio Osmanskog carstva.Tokom osmanske vladavine u Bosni, mnogi Bošnjani odbacuju kršćanstvo i dobrovoljno prelaze na Islam. Istovremeno, Vlasi, odnosno kasniji Srbi se po prvi put pojavljuju u nekim djelovima Bosanskog ejaleta, dok se mnogi Bošnjani katolici iseljavaju u pravcu zapada. Ovaj razvitak demografije, je korijen današnjih naroda Bosne i Hercegovine. Mnogi od Bošnjaka(Bošnjaci su ušli u orijentalni civilizacijski krug) pripadali su bošnjačkom plemstvu, tako da su već u prvoj polovini 16. stoljeća mnogi begovi i vojskovođe u osmanskoj Evropi upravo porijeklom iz Bosne (npr. Mehmed-paša Sokolović ili Gazi Husrev-beg).

U 16. i 17. stoljeću, Bošnjaci su bili sastavni dio osmanske vojske, dok su najvažnije uloge vlade Bosanskog ejaleta najčešće pripadali Bošnjacima.Mnoge od bošnjačkih porodica koje su rano prešle na Islam su bile vrlo moćne, što u Bosni dugo vremena zadržava i feudalne odnose između Bošnjaka i drugih naroda. Osmanski neuspjesi protiv druge regionalne velesile u ovom dijelu Evrope, Austrije pomiču granicu između Osmanskog carstva i ostale Evrope, koja sad ponovo stiže pred same kapije Bosne, čime se opća situacija u zemlji pogoršava. Sa konstantnim napadima i ekonomskom krizom širi se nezadovoljstvo, tako da u prvoj polovini 19. stoljeća, sultan nekoliko puta pokušava izvršiti reforme, ali ovome kapetani u Bosni odgovoraju pobunama.

Najčuvenija od njih je pobuna Huseina kapetana Gradaščevića 1831. godine. Nakon što su poraženi od strane Osmanlija, vojni otpor Bošnjaka se završava, dok carstvo i dalje slabi. Istovremeno srpski odnosno hrvatski nacionalni pokreti vrše jak pritisak na Bošnjake tako da mnogi Bošnjaci se na osnovi vjere ili nečeg drugog odvaja u srpski odnosno hrvatski nacionalni korpus te broj Srba i Hrvata u Bosni raste.1878. godine Bosna, odlukom Berlinskog kongresa, postaje sastavni dio Dvojnog kraljevstva Austro-Ugarske.