Početkom Drugog svjetskog rata pod vodstvom Ante Pavelića osniva se 14.aprila 1941 . godine NDH , u čiji sastav ulazi cijela Bosna i Hercegovina. Znatan dio bosanskih Hrvata sudjeluju kao pripadnici fašističke vojske tzv. NDH, ustaše , domobrani , dok nekolicina Bošnjaka zauzima vodeće pozicije u vlasti kao ministri u vladi NDH. kao npr. Osman Kulenović i Džafer beg Kulenović . Dio Srba bori se na strani četnika . Ustaše progone i ubijaju Srbe, Rome , Jevreje i komuniste na zvjerske načine.

Ipak najveći dio Bošnjaka, bosanskih Srba i djelovi bosanskog hrvatskog korpusa aktivno učestvuju u antifašističkom pokretu Josipa Broza Tita , dajući znatan doprinos Narodno-oslobodilačkoj borbi i konačnom oslobođenju cijele zemlje od stranih okupatora. Time se Bosna i Hercegovina može pohvaliti, da je jedna od prvih zemalja antifašističke koalicije u porobljenoj Evropi 1941-1945. Na teritoriji Bosne i Hercegovine vode se neke od najžešćih bitaka ( Neretva , Kozara , Sutjeska , Drvar ) Drugog svjetskog rata na području jugoistočne Evrope.

U Mrkonjić Gradu su 25. novembra 1943 . godine postavljeni temelji savremene Bosne i Hercegovine, a u Jajcu 29. novembra iste godine na zasjedanju AVNOJ-a i osnove nove, socijalističke Jugoslavije , u sklopu koje je Bosna i Hercegovina bila jedna od šest ravnopravnih republika.