Bosna i Hercegovina se nalazi na jugo-istoku Evrope, u središnjem dijelu Balkanskog poluotoka.

Na sjeveru, zapadu i jugozapadu graniči sa Republikom Hrvatskom, a na istoku i jugu sa Srbijom i Crnom Gorom. Prijevoj Ivan Sedlo (959 m) između planina Bitovnje i Bjelašnice povezuje dvije velike cjeline države, naseljeniju te šumama i obradivim zemljištem bogatiju Bosnu na sjeveru i manju, krševitu Hercegovinu na jugu.

Izrazitu prirodnu granicu između Bosne i Hercegovine čini planinski niz Vran - Raduša - Vranica - Bitovnja - Bjelašnica - Treskavica - Zelengora - Maglić. Hercegovina zahvaća oko 20% površine i ima samo 10% stanovnisšva države. Blizu ušća Neretve, ispred Malostonskog kanala, Bosna i Hercegovina ima mali izlaz na more, (21,2 km duga obalna linija kod Neuma).

Bosna i Hercegovina među bivšim jugoslavenskim republikama je treća po površini i broju stanovnika (iza Srbije i Hrvatske), te srednjoj gustoći naseljenosti (iza Srbije i Slovenije).

Bosna i Hercegovina se satoji od četiri velike geografske cjeline.

Srednja Bosna (12 920 km2, 1 249 000 stanovnika) zahvaća planinski srednjobosanski prostor; to je najrazvijeniji dio države gdje se od najstarijih vremena nalaze žarista teritorijalnog okupljanja susjednih peripanonskih, krških i sub - mediteranskih krajeva. Od kraja XIX stoljeća raspored naseljenosti se izmijenio pa danas većina stanovništva živi u Peripanonskoj Bosni (21 622 km2, 2 253 000 stanovnika) koja je poljoprivredno najvrijedniji dio države, ali i agrarno prenaseljeni kraj. Bosansko-hercegovacki visoki krš (11 842 km2, 325 000 stanovnika) obuhvaća planinsko-krški prostor zapadne Bosne i Hercegovine i to je najslabije naseljen i najsiromašniji dio države - samo je 9% površine obradivo, a u gradovima živi manje od 30% stanovnika.

Mediteranska regija, tzv. Niska Hercegovina (5 399 km2, 296 000 stanovnika) je najmanja geografska cjelina Bosne i Hercegovine i to je zagorski prostor srednjeg primorja. Reljef Bosne i Hercegovine je pretežno brežuljkast i planinski, a samo 8 % površine države nalazi se ispod 150 metara nadmorske visine. 

Najveći dio Bosne i Hercegovine hidrografski pripada crnomorskom slivu, odnosno porječju rijeke Save. Sava svoje najveće pritoke prima upravo iz Bosne (Una 214 km, Vrbas 240 km, Bosna 271 km, Drina 346 km). Manji, hercegovački prostor odvodnjava se prema Jadranskom moru, a najveća je rijeka Neretva (218 km) koja je i najveći pritok Jadranskog mora sa teritorije bivše SFRJ. U Hercegovini se nalazi najveća ponornica na području bivše SFRJ, Trebišnjica, koja većinu voda dobija iz krajeva koji se ubrajaju medju padavinama najbogatije krajeve Evrope.

Bosna i Hercegovina nema većih prirodnih jezera, a najpoznatija su Plivska jezera kod Jajca te Blidinje i Boračko jezero.

Veće značenje imaju umjetne akumulacije, kako za hidroenergetsko iskorištavanje (Jablaničko, Perućačko i Bilećko jezero), tako i za opskrbu industrije vodom (Modračko jezero kod Tuzle). Nekadačnje Buško blato podno Dinare izgradnjom brana pretvoreno je iz periodičkog krškog ujezerenja u veliku umjetnu akumulaciju vode.

Zapadnobosanska i hercegovačka polja u kršu periodično su plavljene površine, a neka su do danas isušena ili pretvorena u umjetne akumulacije, koje služe hidroenergetskom iskorištavanju ili navodnjavanju obradivih površina. Posebnost čini Hutovo blato kod donje Neretve, močvarni kraj koji je za visokih voda pokriven 1-1,5 metara dubokom vodom. Bogato je ribom i rijetkim pticama, zimi se dugo zadržavaju jata divljih pataka i gusaka, a ima i ornitološku stanicu.